Sinds de Tweede Kamerverkiezingen van 1977 werd het CDA – eerst als Tweede Kamerfractie, later ook als partij – geplaagd door interne tegenstellingen. Omdat het nogal eens schortte ‘aan onderling vertrouwen en respect voor elkaars beweegredenen en standpunten’, stelde het partijbestuur in 1983 de werkgroep Interne Partijorganisatie in. In haar rapport Appèl en Weerklank deed die aanbevelingen om de eenheid te vergroten en het imago van de partij te verbeteren. Zo dienden volksvertegenwoordigers bereid te zijn ‘de fractie goed te laten functioneren door gezamenlijk tot eenduidige interpretatie van het programma te komen en deze uit te dragen’. Ook vond de commissie dat de starre afspraken in het fusieprotocol – waarbij de verschillende partijfuncties nauwgezet over de voormalige leden van ARP, CHU en KVP en de rechtstreekse leden werden verdeeld – tot de onderlinge spanningen bijdroeg. In 1984 schafte het congres het protocol af. Onder de strakke leiding van partijvoorzitter Piet Bukman kwam de partij tot grotere eenheid.
Onder de in 1987 aangetreden partijvoorzitter Wim van Velzen poogde het CDA zijn partijorganisatie te professionaliseren. Het partijbureau moest een databank krijgen met daarin informatie over de maatschappelijke achtergrond, kennis en belangstelling van de partijleden. In het rapport Bestuurlijke vernieuwing in de verantwoordelijke samenleving werd gepleit voor een ‘personeelsbeleid’ voor politieke functies, met onder meer functioneringsgesprekken om de gekozen bestuurders te beoordelen. De adviezen met betrekking tot de ‘werving, begeleiding en uitstroom’ werden nader uitgewerkt in het rapport CDA-politici in functie. Het voorstel om de zittingsduur van gekozen vertegenwoordigers tot maximaal drie termijnen te beperken, viel in de partij niet goed maar werd wel doorgevoerd en is nog altijd van kracht.
Critici verweten Van Velzen dat het CDA door de professionalisering te technocratisch werd. Ook zijn aanpak om met de verkoop van het monumentale, historische Kuyperhuis – waar het partijbureau was gevestigd – een miljoenentekort weg te werken, was omstreden. In 1992 werd het pand verkocht en na een verbouwing weer door de partij gehuurd. Om de financiële nood te lenigen werd de contributie verhoogd en schakelde het CDA sponsors in bij de organisatie van partijcongressen. De problemen werden deels veroorzaakt door afnemende inkomsten als gevolg van het dalende ledental. In 1982 had de partij 152.885 leden; in 1994 zo’n 107.000. Het CDA won wel nieuwe leden, maar verloor er meer, vooral door overlijden. ‘De meeste afdelingen kampen met een verouderd ledenbestand, weinig mensen die actief zijn en nauwelijks aanwas van jongeren’, stelde het rapport Politiek dicht bij de mensen in 1991 vast.
In 1993 was de partijcommissie Appèl en Weerklank II ingesteld (ook wel aangeduid als de commissie-Klaassen, naar de voorzitter Leendert Klaassen, burgemeester van Zuidhorn), die de ontwikkeling van de partijorganisatie sinds de verschijning van het rapport Appèl en Weerklank in 1983 moest evalueren. Haar rapport verscheen in de herfst van 1994. Uit onderzoek was gebleken dat de leden de partijorganisatie ‘(te) professioneel’ vonden en dat die ‘minder centralistisch’ moest opereren.
In 1990 kreeg het CDA er een nieuwe nevenorganisatie bij: de Eduardo Frei Stichting (EFS) voor ‘internationale solidariteit’, vernoemd naar de christendemocraat Eduardo Frei, die van 1964 tot 1970 president van Chili was. Na de ondergang van het communisme ondersteunde de stichting nieuwe christendemocratische partijen in Midden- en Oost-Europa.
Begin jaren negentig werd ‘CDAtel’ geïntroduceerd, een nieuwe videotextdienst met actuele informatie over de partij. Ook maakte de partij gebruik van CDAmail, de ‘elektronische postdienst’ die de interne communicatie moest bevorderen.