Na het positieve oordeel van de partijraad in november 2001 over de plannen van de commissie Partijontwikkeling introduceerde het CDA niet alleen het donateurschap maar ook nieuwe vormen van het partijlidmaatschap met een gereduceerd tarief, zoals het proeflidmaatschap (‘voor mensen die eerst de kat uit de boom willen kijken’) en het meerpersonen-lidmaatschap (voor partijleden die op hetzelfde adres wonen). De bedoeling was om het aantal partijleden te verhogen. Ondanks alle pogingen om de partij te vernieuwen en aantrekkelijker te maken voor leden, hield de afname van het ledenaantal van het CDA ook na de eeuwwisseling echter aan. In 2002 telde de partij circa 78.000 leden; in 2010 zo’n 67.500.
Verder werd in 2003 het ‘one-person-one-vote’-systeem ingevoerd, met spreek- en stemrecht voor alle leden op lokale, provinciale en landelijke ledenvergaderingen. Met deze veranderingen werden de partijraad en het congres samengevoegd tot één Algemene Ledenvergadering. Naast de partijleden kregen in dit orgaan ook de circa 250 provinciale afgevaardigden stemrecht, alsmede het CDJA en het CDA-Vrouwenberaad (beide tien stemmen). Al een jaar eerder konden de partijvoorzitter, leden van het dagelijks bestuur en voorzitters van lokale en provinciale afdelingen op basis van een meervoudige voordracht van kandidaten worden verkozen. Het getrapte systeem van afdelingsafgevaardigden en indirecte ledeninvloed dat het CDA sinds 1975 kenmerkte, werd na de eeuwwisseling aldus ingeruild voor rechtstreekse zeggenschap van de leden.
In juli 2002 koos de Tweede Kamerfractie van het CDA in een open stemming Maxime Verhagen als opvolger van fractievoorzitter Jan Peter Balkenende, die premier was geworden. Verhagen kreeg 27 stemmen, 12 meer dan de andere kandidaat, Clémence Ross-van Dorp. De open verkiezing was tekenend voor de partijvernieuwing: daarvoor werd de fractievoorzitter in informeel overleg geselecteerd en vervolgens door de fractie bij acclamatie gekozen.
Om te voorzien in de vacature van de teruggetreden partijvoorzitter Marnix van Rij, vond er in 2002 voor het eerst in de geschiedenis van het CDA een open verkiezingsstrijd voor deze functie plaats. Uit de 120 voorgedragen kandidaten selecteerde de vertrouwenscommissie er twee: de katholieke Jan Krapels en de protestantse Marja van Bijsterveldt. Beiden trokken vervolgens door het land en gingen met elkaar in debat. Met de stemmen van 26.000 leden (73,5%) werd Van Bijsterveldt in november tot nieuwe voorzitter verkozen; de opkomst was 52,5%.
Daarmee was de partijvernieuwing nog niet voltooid. In september 2003 verscheen de notitie Investeren in de toekomst, met voorstellen over de partijorganisatie en de politieke agenda. De leden konden zich op acht regionale ‘Fonteinavonden’ hierover uitspreken. De naam was ontleend aan de Trevifontein in Rome, waarin voorbijgangers muntjes werpen met bepaalde wensen in gedachten: zo konden de CDA-leden plastic fiches in verschillende bokalen deponeren om aan te geven wat ze belangrijk vonden. Ruim 1.100 leden namen aan de bijeenkomsten deel. Aan een halfjaarlijkse ledenraadpleging hadden de leden weinig behoefte; ze hechtten meer aan een eigentijdse verwoording van de christendemocratische boodschap en aan meer service voor de afdelingen, maar ook aan meer invloed van leden bij de aanwijzing van lijsttrekkers.
