De werkgroep Interne Partijorganisatie constateerde in 1983 in het rapport Appèl en weerklank dat het CDA in de jaren na 1977 politiek sterk verdeeldheid was. In de loop van de jaren tachtig kwam er grotere eenheid, maar die was vooral het gevolg van de sterker geworden ‘neiging tot centralisatie en hiërarchie’. De kabinetten-Lubbers kenden strakke regeerakkoorden, terwijl de politieke lijn nauwgezet door premier Ruud Lubbers en de voorzitter van de Tweede Kamerfractie werd afgestemd. De fractieleden kwamen er nauwelijks nog aan te pas; voorzitter Ad Kaland van de Eerste Kamerfractie sprak laatdunkend over ‘stemvee’. De senator was afkomstig uit de CHU, die het nooit zo op fractiediscipline had gehad. De Tweede Kamerfractie werd door voorzitter Bert de Vries (oud-ARP) tot grotere eendracht gebracht; de vroegere loyalisten haakten af.
De macht binnen het CDA kwam steeds meer bij een kleine groep te liggen. De positie van partijleider en premier Lubbers werd onaantastbaar. Partijvoorzitter Piet Bukman werd vanwege zijn autoritaire optreden wel de ‘Lenin van Voorschoten’ genoemd. Zijn opvolger Wim van Velzen domineerde in het partijbestuur de discussies. Hij probeerde het CDA te professionaliseren, waardoor de partijcultuur verzakelijkte – tot leedwezen van de sfeergevoeligen. Buiten de geëigende kanalen om scoutte hij aspirant-kaderleden en Kamerkandidaten. Deze nieuwkomers misten nogal eens bevlogenheid, wat slecht viel in de partij – evenals het managers-jargon dat Van Velzen bezigde. Het CDJA uitte kritiek op de ‘technocratische’ koers van de voorzitter. De in 1993 ingestelde partijcommissie Appèl en Weerklank II (ook wel aangeduid al de commissie-Klaassen) was gebleken dat de leden de partijorganisatie ‘(te) professioneel’ vonden en dat die ‘minder centralistisch’ moest opereren, zo schreef zij in haar rapport Herkenbaar en slagvaardig.
Het CDA was in de jaren tachtig een meer pragmatische bestuurderspartij geworden, ten koste van zijn christendemocratische identiteit, zo stelde de commissie-Gardeniers in haar evaluatierapport na de zware nederlaag bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1994. Er was een zekere zelfgenoegzaamheid in het optreden van de partij geslopen, ‘die “het aan de macht zijn” gewoon is gaan vinden’. De commissie constateerde dat ‘deskundigheidsbevordering en professionalisering’ ten koste waren gegaan van de leden; zij hadden in de afdelingen de ‘band met de partij’ verloren en zich ‘buitengesloten’ gevoeld. De principiële gedrevenheid was uit het zicht geraakt, aldus oud-ARP’er Gerrit van den Berg, jarenlang werkzaam op het CDA-secretariaat: het werd teveel ‘besturen om het besturen.’
Ook al was het fusieprotocol afgeschaft, er werd binnen het CDA nog altijd wel rekening gehouden met de kerkelijke achtergrond van de kandidaten. In 1985 werd het ‘Comité van verontruste hervormden’ opgericht, die meer Nederlands-hervormden wilde in de Tweede Kamer en in het kabinet. Toen partijvoorzitter Bukman in 1986 aftrad, moest er een katholieke opvolger komen (Van Velzen), vanwege de vele protestantse bewindslieden in het tweede kabinet-Lubbers. Tegelijk kregen voor het eerst niet-christenen in het oog springende posities in het CDA. In 1986 werd Talip Demirhan het eerste islamitische lid van het partijbestuur. De Surinaamse hindoe Ram Ramlal werd in 1992 het eerste niet-christelijke Tweede Kamerlid voor het CDA. Het CDA accepteert niet-christelijk leden, mits zij de grondslag van de partij – het evangelie – respecteren.