Bij de totstandkoming van het CDA brachten de drie partijen hun eigen godsdienstige traditie en hun eigen cultuur en identiteit mee. De ARP stond bekend als een hecht georganiseerde partij van gereformeerde mannenbroeders, principieel en rechtlijnig, die hun bijeenkomsten met Bijbellezing en gebed begonnen. De CHU, waarbij veel Nederlands-hervormden uit de maatschappelijke bovenlaag zich hadden aangesloten, had vaak moeite met machtspolitiek, scherpslijperij en dogmatisme. Zij was meer een unie dan een echte partij – een tamelijk los, relativerend politiek gezelschap, zonder veel discipline. De CHU is wel een koppel patrijzen genoemd die als er een schot werd gelost opvlogen, maar alle een andere kant op. De KVP was van de drie in sociaal opzicht het meest een volkspartij. Nestwarmte speelde een belangrijke rol; ‘katholieke politiek is vooral een kwestie van sfeer’, aldus het vroegere KVP-Tweede Kamerlid Van Rijckevorsel in 1982.
Ook al werden de cultuurverschillen soms overdreven en namen ze met de ontzuiling af, ze waren in 1980 zeker nog niet verdwenen. Zo moesten de katholieken wennen aan het veelvuldige gebruik van de Bijbel door de protestanten. Deze eigen identiteiten maakten het samengaan er niet makkelijker op, wat ook kwam door het fusieprotocol, dat de onderscheiden schakeringen eigenlijk in stand hield. Om te vermijden dat een partij zich tekort gedaan zou voelen, waren de krachtsverhoudingen tussen ARP, KVP, CHU en de groep van rechtstreekse leden nauwgezet vastgelegd. Het fusieprotocol fungeerde als richtlijn voor de onderlinge verdeling van de functies in het CDA en van de plekken op de kandidatenlijsten.
Door deze afspraken bleven de ‘bloedgroepen’ herkenbaar voor de eigen (gereformeerde, hervormde of katholieke) achterban, maar werd tegelijk de doorstroom van nieuwe en jonge leden in de partij belemmerd, zo werd terugblikkend in 1983 in het rapport Appèl en weerklank geconstateerd. ‘Ook al blijven er aanmerkelijke stijlverschillen tussen protestanten en katholieken onderkenbaar en tussen mensen uit de verschillende streken van ons land, toch lijkt de garantie die de overgangsbepalingen bij het fusieprotocol beogen te geven voor de identiteit niet meer die wezenlijke functie te omvatten die daarmee beoogd werd.’
Het protocol werd in 1984 voortijdig beëindigd, maar bij de verdeling van de functies werd daarna nog wel rekening gehouden met de godsdienstige verschillen. De term ‘bloedgroepen’ was niet langer gereserveerd voor de ARP, CHU en KVP, maar voor de verschillende denominaties binnen de partij. De partijleiding bepaalde dat er een ‘fifty/fifty verhouding’ tussen rooms-katholieken en protestanten moest worden aangehouden – over de verdeling binnen het protestantse deel werd niets gezegd.
Naast godsdienstige verscheidenheid kende het CDA ook grote politieke verdeeldheid. Het eerste kabinet-Van Agt (1977-1981) had het te stellen met kritische ‘loyalisten’ uit de Tweede Kamerfractie, grotendeels afkomstig uit de ARP en niet gediend van regeren met de VVD. Dat Kamerleden afwijkende standpunten innamen, was tot op zekere hoogte binnen het CDA geaccepteerd. De ARP had bij de fusie het gravamen ingebracht; kandidaat-Kamerleden konden bij het verkiezingsprogram op onderdelen een zwaarwegend gewetensbezwaar kenbaar maken. Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1981 erkende het CDA-bestuur van elf kandidaten deze gravamina, in 1982 dertien. De verdeeldheid in fractie en partij verschafte het CDA een negatief imago, wat afbreuk deed aan zijn aantrekkingskracht, aldus het rapport Appèl en weerklank. De saamhorigheid moest worden vergroot, onder meer doordat ‘CDA-leden zich gezamenlijk over de Bijbel buigen om de voortdurende vernieuwing van ons politieke denken te inspireren’. Of dat is gelukt valt moeilijk na te gaan.
