Na de zware nederlaag bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1994 had het CDA een commissie ingesteld onder leiding van oud-minister Til Gardeniers, die de uitslag moest evalueren. In haar rapport constateerde zij onder meer dat in het verzakelijkte, geprofessionaliseerde en primair op het openbaar bestuur gerichte CDA het debat in het gedrang was gekomen. De leden dienden in een ‘open discussieklimaat’ weer bij het interne partijdebat te worden betrokken en ook meer invloed in de partij te krijgen. De omslag naar een levendige discussiecultuur verliep echter niet makkelijk, aldus partijvoorzitter Hans Helgers. ‘Het gemiddelde lid van het CDA wijkt nu eenmaal af van die van de PvdA of de VVD. Wij kunnen een, naar ons gevoel, buitengewoon geanimeerde discussie hebben gehad, terwijl de buitenstaander zegt: wanneer komt de discussie? Bij ons gelden totaal andere politieke codes en omgangsvormen.’ Ondanks de angst die er bestond voor tweespalt als gevolg van het interne debat, lukte het Helgers de 'democratisering' van de partijorganisatie in gang te zetten. Daarbij kreeg hij steun van de in 1996 opgerichte ‘Confrontatie met de toekomst’, een vernieuwingsbeweging van jongere partijleden die zich met de binnen het CDA opmerkelijke benaming – ‘Confrontatie’ – tooide.
Het sterke gevoel van ‘eenheid en onderlinge loyaliteit’ dat het CDA kenmerkte, was al vóór de verkiezingsnederlaag van 1994 ‘vervreemdend en verstikkend’ gaan werken, zo had de commissie-Gardeniers vastgesteld. De commissie Appèl en Weerklank II (ook wel commissie-Klaassen genoemd), die vlak na de commissie-Gardeniers haar rapport Herkenbaar en slagvaardig uitbracht over de partijorganisatie, meende dat de partijcultuur wel verbeterd kon worden. Zij sprak zich uit voor het bevorderen van de ‘onderlinge solidariteit’ en het ‘saamhorigheidsgevoel’; ‘niet alleen vergaderen, maar ook nog even “napraten”; aandacht voor persoonlijke gebeurtenissen; zorg voor “open” cultuur’.
In deze jaren speelden ook tegenstellingen op tussen de zuidelijke – katholieke – partijorganisaties en de landelijke partij. Het Limburgse Tweede Kamerlid René van der Linden signaleerde in 1995 in het CDA een 'vervreemdingsproces' tussen Den Haag en de rest van het land. Hij hield zelfs rekening met een Limburgse (en wellicht Brabantse) sociaal-conservatieve afsplitsing van het CDA. Een paar jaar later bepleitte het voormalige Tweede Kamerlid Léon Frissen een meer zelfstandige positie van de afdeling-Limburg in het landelijke CDA. Hij vond hij de sfeer in de partij ’te noordelijk’.
De religieuze verschillen waren evenmin verdwenen. Het katholieke Kamerlid Frissen vond eerder dat in het CDA ‘het oude ARP-establishment’ nog actief was. De eveneens katholieke partijvoorzitter Helgers wilde meer katholieken op de kandidatenlijst voor de Tweede Kamer. Ook hervormden voelden zich tekortgedaan. Zo meende de christelijk-historische Mr. H.K.J. Beerninkstichting dat er op de kandidatenlijst voor de Tweede Kamerverkiezingen van 1998 te weinig hervormden verkiesbaar waren.
De Beerninkstichting verzette zich ook tegen het door partijvoorzitter Marnix van Rij in 2000 opgerichte Centrum voor politiek, religie en zingeving, dat mensen van verschillende religies maar ook agnosten met elkaar wilde verbinden. Van Rij kreeg hiervoor steun uit onder meer islamitische en hindoestaanse hoek. Binnen het CDA leefde ook de vrees dat het centrum tot verbreding van de grondslag van de partij in de richting van niet-christelijke religies zou kunnen leiden, waardoor de ‘C’ zou verwateren. Na een paar jaar verdween het Centrum naar de achtergrond.
