Na de langste formatie in de Nederlandse politieke geschiedenis tot dan toe ging in oktober 2017 het derde kabinet-Rutte van start. Het CDA maakte hiervan samen met de VVD, D66 en de ChristenUnie deel uit. Met de eindstreep in zicht bood het kabinet op 15 januari 2021 zijn ontslag aan als gevolg van de bevindingen van de Parlementaire ondervragingscommissie Kinderopvangtoeslag, die onder voorzitterschap stond van CDA-Kamerlid Chris van Dam. De Kamerleden Pieter Omtzigt (CDA) en Renske Leijten (SP) speelden een grote rol bij het aan het licht brengen van de toeslagenaffaire.
Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 17 maart 2021 verloor het CDA onder leiding van Wopke Hoekstra vier zetels: de christendemocraten gingen van negentien naar vijftien. Partijvoorzitter Rutger Ploum trad op 19 maart 2021 af vanwege de teleurstellende verkiezingsuitslag. Op 3 april 2021 werd Marnix van Rij door het Landelijk Bestuur aangesteld als interim-partijvoorzitter. Eén van de eerste bestuurstaken onder leiding van Van Rij was het instellen van een evaluatiecommissie. Oud-minister Liesbeth Spies werd tot voorzitter van deze commissie benoemd. Op 10 juli presenteerde de commissie haar rapport, Zij aan zij werken aan herstel! De commissie constateerde onder meer 'gebrek aan eenheid in de campagne..., gebrek aan onderling vertrouwen en gebrek aan bestuurlijk leiderschap'. Op 11 september besprak het bijzondere partijcongres het rapport.
Na een formatie die meer dan 300 dagen duurde, kwam er een regeringscoalitie tot stand van VVD, CDA, ChristenUnie en D66. Partijleider Hoekstra werd vicepremier en Minister van Buitenlandse Zaken. Hugo de Jonge, die aanvankelijk lijsttrekker zou zijn, werd Minister van Volkshuisvesting en Ruimtelijke Ordening. Het regeren ging het CDA niet goed af: bij de Provinciale Statenverkiezingen van 15 maart 2023 verloor de partij zo'n kwart van haar zetels, mede door de opkomst van de BBB. Op 7 juli 2023 kwam het vierde kabinet-Rutte ten val. Partijleider Hoekstra liet vervolgens weten zich niet kandidaat te stellen voor de vervroegde Tweede Kamerverkiezingen in november.
De nieuwe partijleider Henri Bontenbal had hierdoor weinig tijd om zich te profileren. Daarnaast had het CDA concurrentie van partijen die expliciet aanspraak maakten op hetzelfde electoraat. Zo moest het CDA van Bontenbal de strijd aangaan met BBB, dat niet alleen aantrekkingskracht had voor voormalig CDA-kiezers maar ook oud-CDA politici zoals de ervaren CDA-politica Mona Keijzer die door de BBB als ‘premierskandidaat’ was binnengehaald. Met Nieuw Sociaal Contract (NSC) van Pieter Omtzigt was er daarnaast nog een concurrent bij gekomen. NSC stond er in de peilingen nog beter voor dan BBB en bestond voor een groot deel uit voormalige CDA’ers zoals Nicolien van Vroonhoven en Eddy van Hijum. Ook het verkiezingsprogramma van NSC vertoonde veel overeenkomsten met het CDA, al profileerde NSC zich niet als een christelijke partij en lag er bij NSC duidelijk meer nadruk op ‘goed bestuur’.
Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 2023 haalde het CDA vijf zetels, een historisch dieptepunt. De partij verloor veel zetels aan NSC en in mindere mate BBB. Toch werd deze verkiezingsnederlaag Bontenbal niet aangerekend. Het CDA stond voor zijn aantreden als partijleider in de peilingen al op een groot verlies. Veel CDA’ers waren dan ook tevreden over Bontenbal en vonden dat hij voor deze verkiezingen te weinig tijd had gekregen om de electorale achteruitgang te keren. Met vijf zetels moest het CDA plaatsnemen in de oppositie. Zij was wel bereid om het kabinet-Schoof op onderdelen aan een meerderheid in de Eerste Kamer te helpen.