Het eerste decennium na de eeuwwisseling bracht het CDA onder aanvoering van Jan Peter Balkenende electoraal herstel en regeringsverantwoordelijkheid – al zag het daar aanvankelijk niet naar uit. In de loop van 2001 kwam de paarse coalitie steeds meer onder vuur te liggen. Vooraan in het kritische koor stond Pim Fortuyn, die later de Lijst Pim Fortuyn (LPF) oprichtte om aan de Tweede Kamerverkiezingen van 15 mei 2002 deel te nemen. Niet alleen de regeringspartijen PvdA, VVD en D66, ook het CDA had zorgen. Een hoog oplopend conflict tussen Tweede Kamerfractievoorzitter Jaap de Hoop Scheffer en partijvoorzitter Marnix van Rij over het lijsttrekkerschap liep uit op het vertrek van beiden. Het Kamerlid Balkenende volgde De Hoop Scheffer op en werd lijsttrekker van het CDA. Vlak voor de Kamerverkiezingen werd Fortuyn vermoord, wat tot grote maatschappelijke onrust leidde. De drie regeringspartijen verloren zwaar; de LPF debuteerde met 26 Kamerzetels. Veel kiezers kwamen in hun verlangen naar stabiliteit bij het CDA terecht. De christendemocraten hadden ook Paars bestreden, maar niet zo fel als Fortuyn.
Met 43 Kamerzetels werd het CDA de grootste partij. Het vormde een coalitie met de VVD en de LPF, met Balkenende als premier. Door ruzies in de LPF kwam het kabinet al binnen drie maanden ten val. Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 22 januari 2003 bleef het CDA met 44 zetels de grootste partij. Liever dan met de PvdA ging Balkenende met de VVD en D66 in zee. Om te voldoen aan de Europese begrotingseisen bezuinigde zijn tweede kabinet fors op de sociale zekerheid en de gezondheidszorg, wat binnen het CDA tot protesten leidde. Na drie jaar kwam de coalitie door toedoen van D66 ten val. Het derde kabinet-Balkenende van CDA en VVD bereidde de vervroegde Tweede Kamerverkiezingen van 22 november 2006 voor. Ondanks een verlies van drie zetels bleven de christendemocraten de grootste partij. Door de uitslag waren CDA en PvdA dit keer tot elkaar veroordeeld; met de ChristenUnie vormden zij het vierde kabinet-Balkenende. De regering kreeg al snel te maken met de kredietcrisis, waardoor ze enkele banken moest overnemen. De spanning tussen CDA en PvdA was groot; over vele onderwerpen was onenigheid, zoals het ontslagrecht, de oorlog in Irak en de vredesmissie in Afghanistan. Vlak voor de gemeenteraadsverkiezingen in maart 2010 stapten de sociaaldemocraten uit het kabinet. Hoewel de interne steun voor Balkenende tanende was, koos het CDA voor continuïteit en werd hij weer lijsttrekker. Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 9 juni 2010 kelderde het CDA van de grootste partij naar de vierde positie. Balkenende trad af als partijleider, Maxime Verhagen volgde hem op.
In het rapport Verder na de klap analyseerde de commissie-Frissen de verkiezingsnederlaag. Geconcludeerd werd dat de coalitiepartners in het vierde kabinet-Balkenende elkaar in de houdgreep hielden en dat de CDA-bewindslieden onderling verdeeld waren en elkaar soms zelfs tegenwerkten. Vanwege de angst voor instabiliteit vermeed de partijleiding alle risico’s. De ‘vriendengroep’ rond de premier schermde de CDA-top af tegen correcties en alternatieve geluiden vanuit de partij. Dit alles verlamde de partij – met de electorale ‘klap’ als gevolg.
