Tegen de eeuwwisseling was het Europese federale ideaal bij het CDA wat op de achtergrond geraakt. De partij bleef voorstander van de Europese Unie (EU), maar benadrukte tegelijk sterker het behoud van de nationale identiteit – zeker na de opkomst van de rechtse populist Pim Fortuyn en de invoering van de euro in 2002. Bij de Europese verkiezingen van 10 juni 2004 had het CDA voor het eerst naast het manifest van de Europese Volkspartij (EVP) een eigen verkiezingsprogramma opgesteld, met als titel Voor een eigen plek in Europa. De partij wilde ‘ervoor waken dat we in het grote Europa ons eigen Nederlandse gezicht verliezen’. Hanja Maij-Weggen was als lijsttrekker opgevolgd door Camiel Eurlings, die op het verkiezingsaffiche symbolisch tegen een oranje achtergrond was afgebeeld. Van de gele Europese sterren was er één oranje, wat de eigenheid van Nederland in Europa moest verbeelden. Het CDA verloor twee zetels en kwam uit op zeven (van de 27 Nederlandse zetels) – evenveel als de PvdA, maar procentueel (24,4%) bleven de christendemocraten de grootste partij. Wel had het CDA sinds het begin van de Europese verkiezingen in 1979 nooit zo laag gescoord.
Op 1 juni 2005 werd het raadplegend referendum over het Europees Grondwettelijk Verdrag gehouden. Maij Weggen had zich eerder als leider van de CDA-delegatie in het Europees Parlement voor het verdrag sterk gemaakt, maar de partijtop en premier Jan Peter Balkenende stelden zich ambivalent op. Ruim 61% van de opgekomen kiezers wees het verdrag af; de helft van de christendemocratische kiezers had tegengestemd. Dit droeg ertoe bij dat de tot de eeuwwisseling door het CDA gekoesterde wens van een Europese federale gemeenschap uit het zicht verdween.
Nadat Eurlings in 2007 als minister tot het vierde kabinet-Balkenende was toegetreden, volgde het Tweede Kamerlid Wim van de Camp hem op als lijsttrekker bij de Europese verkiezingen van 4 juni 2009: ‘Ik ga naar Brussel om de belangen van Nederland te verdedigen.’ Het CDA stelde in zijn eigen programma ‘een krachtig Nederland in een sterke en stabiele Europese Unie centraal’. De partij was ‘trots op onze eigen Nederlandse identiteit’, maar beschouwde zichzelf tegelijk als een ‘overtuigd voorstander van de Europese integratie’. Beide elementen kwamen terug op het verkiezingsaffiche: een kaart van Europa waarop Nederland zich duidelijk onderscheidt van de rest, maar dat ook getuigt van een pro-Europese gezindheid. Het CDA ontkende niet dat er ook problemen waren: ‘De Unie is niet altijd ónze Unie’. De partij vond dat het Verdrag van Lissabon, dat de Europese Grondwet verving, ‘zo spoedig mogelijk’ in werking moest treden, omdat het de Unie ‘daadkrachtiger en democratischer’ zou maken. De neergaande tendens in de uitslag van de Europese verkiezingen sinds 1994 hield ook in 2009 aan. Het CDA behaalde 20,1%, goed voor vijf van de 25 Nederlandse zetels.
Dat het CDA de EU bleef steunen bleek ook uit zijn steun aan uitbreiding van de Unie met de vroegere communistische landen uit Midden- en Oost-Europa, mits deze voldeden aan de ‘Kopenhagen-criteria’ (zoals democratie en mensenrechten). Een speciale werkgroep van de EVP onder leiding van achtereenvolgens Wim van Velzen, Camiel Eurlings en Corien Wortmann-Kool zette zich in om in deze landen nieuwe lidpartijen te vinden.
