In de jaren negentig ging de toetreding van conservatieve partijen tot de EVP en haar fractie in het Europees Parlement door, tot groot ongenoegen van het CDA. Na de Europese verkiezingen van 1994 werd de samenwerking met de Britse conservatieve europarlementariërs voortgezet. Na de uitbreiding van Europese Unie (EU) een jaar later traden de Zweedse en Finse conservatieve partijen als lid toe, evenals de christendemocratische Österreichische Volkspartei (ÖVP). Net als de Christlich Demokratische Union (CDU) wilde zij zoveel mogelijk centrumrechtse en conservatieve partijen toelaten – ook uit het postcommunistische Midden- en Oost-Europa –, zodat de EVP-fractie de grootste in het Europees Parlement zou worden.
In 1994 had het CDA met andere partijen weten te voorkomen dat het rechts-populistische Forza Italia van de mediamagnaat Silvio Berlusconi zich na de Europese verkiezingen bij de Europese fractie zou aansluiten. In 1998 gebeurde dat alsnog; een jaar later werd Forza Italia ook lid van de EVP. Om de christendemocratische identiteit te bewaken vormde het CDA met enkele geestverwante partijen de ‘Athene Groep’ (waarmee gerefereerd werd aan het christendemocratische beginselprogramma dat de EVP in 1992 in de Griekse hoofdstad had vastgesteld), maar van die pressiegroep kwam weinig terecht. Wel leidde het in 2001 tot de opstelling van A Union of Values. Het CDA had zich ervoor ingezet dat dit manifest, dat beoogde vanwege de uitbreiding van de EU het Athene-programma te actualiseren, een christendemocratische signatuur kreeg.
Bij de Europese verkiezingen van 9 juni 1994 was oud-minister Hanja Maij-Weggen lijsttrekker, als opvolger van Jean Penders. Vanwege haar landelijke bekendheid werd zij – anders dan haar minder bekende voorgangers Penders en Bouke Beumer – op het verkiezingsaffiche afgebeeld. Het CDA schaarde zich weer achter het verkiezingsprogramma van de EVP. Het ontwerp was ‘weinig wervend’, maar de tientallen overgenomen CDA-amendementen hadden daarin verbetering gebracht. Het CDA behield de tien zetels die het in 1989 had behaald, maar dat kwam omdat het Nederlandse zeteltal van 25 naar 31 was gegaan (het zeteltal van het Europees Parlement was verhoogd als gevolg van de eenwording van Duitsland). Eind 1996 raakte de CDA-delegatie een zetel kwijt, toen Jim Janssen van Raay opstapte maar zijn zetel behield.
In de verkiezingscampagne was een belangrijke rol weggelegd voor vertrekkend premier Ruud Lubbers, die zich kandidaat had gesteld voor het voorzitterschap van de Europese Commissie. De Duitse bondskanselier Helmut Kohl (CDU) blokkeerde echter zijn benoeming; uiteindelijk werd de Luxemburgse premier Jacques Santer benoemd.
Ook bij de Europese verkiezingen van 10 juni 1999 was Maij-Weggen lijsttrekker. Het CDA voerde campagne met het manifest van de EVP, dat echter door de toegenomen invloed van de conservatieven nogal vaag was. De keuze voor een verenigd Europa kwam op het verkiezingsaffiche naar voren in het blauwe hart met de Europese sterren. Het EVP-logo ontbrak dit keer. De uitslag viel wat tegen: het CDA ging van tien zetels terug naar negen. Ondanks dit verlies bleef de partij de grootste Nederlandse delegatie in het Europees Parlement. Wel vormden de christendemocratische partijen in de EVP-fractie inmiddels een minderheid, zo constateerde oud-delegatieleider Penders.
